1.肾结核 病程迁延数年以上，有腰痛、低热、脓尿、血尿及膀胱刺激症状，与肾放线菌病症状相似。但多有肺结核病史，有明显尿频及终末血尿。血沉增快，连续尿沉渣涂片抗酸染色可发现抗酸杆菌。无放线菌集落形成的“硫黄颗粒”。尿路造影可见肾盏边缘模糊，肾盏、肾盂扩张或不显影。有时可有典型的挛缩膀胱以及对侧肾积水表现。膀胱镜检查可见结核结节或浅表性黏膜溃疡，活检可发现结核杆菌。
2.慢性肾盂肾炎 也表现为反复的尿频、尿急、脓尿、血尿、腰痛、发热症状。尿液检查有蛋白及脓细胞。尿路造影可发现肾盂、肾盏变形及肾实质萎缩。与肾放线菌病症状有相似之处，但本病有明显的慢性肾功能不全表现。尿液检查无“硫黄颗粒”，中段尿细菌培养阳性。X线检查表现为肾脏缩小，肾边缘不规则，肾盂肾盏不规则变形、扭曲。
3.肾周围炎和肾周围脓肿 有时也表现为发热、腰痛，伴消瘦、乏力，与慢性化脓性病变相似。但肾周围炎和肾周围脓肿患者有腰椎向患侧弯曲，肢体活动受限，肾区叩痛极为明显。CT可以显示肾周有低密度的肿块，肾内肾盂肾盏可正常。脓肿穿刺抽出脓液中无“硫黄颗粒”。
4.脓肾 慢性病程型主要表现为反复发作的腰痛，常伴盗汗、贫血和消瘦，与慢性化脓性病变相似。但脓肾患者尿液常规检查有大量脓细胞，尿液培养阳性而无“硫黄颗粒”。
5.肾肿瘤 有时可表现为低热、消瘦、乏力等慢性消耗性表现。体格检查时可扪及肾脏肿块。尿路造影可见肾盂、肾盏受压、变形，与本病增殖型病变所致者极为相似。但有间歇性无痛性肉眼血尿，明显腰痛，肾区触及进行性增大之肿块。肾动脉造影可见迂曲而不规则的肿瘤血管。B超检查、CT、MRI检查均提示肿瘤影像。
6.阴茎梅毒(硬下疳) 阴茎头溃疡很难与本病鉴别。但本病多有性病接触史，溃疡渗出液作暗视野检查，可查得梅毒螺旋体。血清荧光抗体暗视野呈阳性反应。
7.滴虫性膀胱炎 也表现为反复的尿频、尿急，脓尿伴有血尿。但患者尿道分泌物及尿液中可找到滴虫，找不到“硫黄颗粒”。
8.慢性膀胱炎 也表现为反复的尿频、尿急，脓尿伴有血尿。但尿常规检查有白细胞，中段尿细菌培养阳性，尿中没有“硫黄颗粒”。膀胱镜检查膀胱内虽有炎症改变，但活组织检查找不到颗粒状菌落。
9.膀胱结核 也表现为反复的尿频、尿急，脓尿伴有血尿。但同时有肺结核和肾结核病史。尿沉渣涂片抗酸染色可发现抗酸杆菌，但尿液中无“硫黄颗粒”。IVU可见肾积水和肾实质破坏性改变。膀胱镜检查可见结核结节或浅表性黏膜溃疡，活检可发现结核杆菌，可与之鉴别。
