1.由于卵子或精子的缺陷，或两者均有缺陷，或在妊娠早期，母体缺乏维生素、叶酸、透明质酸酶等重要物质，妨碍了孕卵的正常发育，导致流产。
2.染色体异常
自然流产的胎儿经染色体研究后，发现有核型异常，而且还伴有胎儿或胎盘等结构上的异常。
3.内分泌失调
雌激素过多与孕酮不足，也是早期流产的原因.此外，甲状腺素缺少，使细胞的氧化过程遭受障碍，以及甲状腺功能亢进和糖尿病等，均可导致习惯性流产。
4.精神因素
紧张、恐惧和精神刺激，可引起习惯性流产。
5.前列腺素因素
有人在剖宫终止妊娠的羊水标本中发现，并不含前列腺F2或F2a;而在自然流产的羊水标本中，这两种前列腺素浓度却很高，前列腺素样活性还存在于自然流产者的外周静脉血中.由此证明，自然流产时高频率的宫缩是内源性前列腺素所造成的。
6.胎盘异常
蜕膜炎可使底蜕膜出血或增生，绒毛上皮细胞和蜕膜细胞溶解，绒毛内血管阻塞，影响营养物质的吸收与运送，使孕卵从附着处分离、出血而流产.胎盘的巨大梗塞，可降低胎盘功能，影响胎儿生存，以致流产.前置胎盘、胎盘绒毛水肿变性也可致流产。
7.血型不合
由于以往妊娠或输血致Rh因子、不合的ABO血型因子在母体内产生抗体，此次妊娠由胎盘进入胎儿体内，使红细胞凝集而产生溶血，以致习惯性流产.
8.绒毛间质胶原样病变
可使绒毛血管退化，造成习惯性流产。
9.生殖器官疾病
子宫畸形，如双角子宫、子宫腔纵隔等，常是流产的原因.子宫肌瘤，尤其是向子宫腔内发展的黏膜下肌瘤或嵌顿在骨盆腔中的卵巢囊肿，可影响胎儿发育而导致流产.子宫内口松弛，易造成习惯性流产。
