小便后尿道疼痛可能是因为尿道黏膜摩擦、尿道炎症、尿道结石等原因，需要明确原因针对性的治疗。
1、尿道黏膜摩擦如果尿道黏膜长时间的摩擦引起了黏膜损伤，在小便刺激期间会伴有疼痛的症状，轻微的情况下会逐渐的恢复。
2、尿道炎症尿道如果出现了感染性炎症，会导致尿道黏膜充血，在尿液刺激期间会伴有烧灼感和疼痛的症状，要配合医生通过消炎类的药物治疗，比如阿莫西林胶囊、罗红霉素胶囊、头孢拉定胶囊等。
3、尿道结石尿道结石在摩擦的过程中，会不断的损害泌尿系统黏膜，在排尿期间会伴有疼痛的症状，可以配合医生通过激光碎石治疗。
除了以上原因以外，有可能是出现了尿道肿瘤等原因，要配合医生做治疗。
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