睡觉醒过来后出现肩膀疼的原因是有很多的，可能是因为睡觉的时候保持同一个姿势所致的，也可能是因为身体疾病所致的，肩膀关节疾病等等都会出现肩膀疼这个症状，如果是短暂性的疼痛的话，就不用太担心了，一般休息一会就能够好转的，如果是长期性的话，最好是做个肩膀方面的CT检查，然后在选择治疗方法，平常要注意活动活动肩膀，不能让肩膀保持同一个姿势，没事的时候，就要多按摩按摩肩膀，促进血液循环。